ברשות הטבע והגנים מעדכנים היום (שבת) כי לא תתאפשר כניסה אל מאגר המים בציפורי אמר והוא הוצף. בעין אפק ניתן לטייל רק בשביל הנגיש, טחנת הקמח ובמסלול העולה אל התל.
מאגר המים הענק נמצא כקילומטר וחצי ק"מ ממזרח לציפורי העתיקה. המים הגיעו אליו בשתי אמות, שאספו מים ממעיינות הנובעים בכפרים משהד וריינה. האמות מתחברות ובקרבת העיר הן מתפצלות שוב. האמה הצפונית נעלמה ושרידיה אינם נראים עוד. האמה הדרומית הובילה מים למאגר מים ענקי, חצוב בסלע. אורכו כ-250 מ', גובהו כ-10 מ' ורוחבו המרבי כ-4 מ'. נפח המאגר כ-4,300 מ"ק.
המאגר שימש מן המאה ה-2 עד המאה ה-7 לספירה. הוא נחצב כאן משום שזה המקום הגבוה היחיד בקרבת ציפורי שנמצא בו סלע קירטון, הנוח לחציבה. את המאגר ציפו בטיח פעמיים: במאה ה-2 לספירה הוא צופה בטיח בעל גוון בהיר, ובמאה ה-4 צופה שוב, כנראה בעקבות רעש האדמה הגדול בשנת 363, שגרם לו נזקים כבדים.